X
Diagnostyka genetyczna zakażeń koronawirusem SARS-CoV-2 - EUROIMMUN DNA
X
Diagnostyka genetyczna zakażeń koronawirusem SARS-CoV-2

Diagnostyka genetyczna zakażeń koronawirusem SARS-CoV-2

Ze względu na szybkie szerzenie się infekcji nowym szczepem koronawirusa na świecie 11 marca 2020 roku Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) ogłosiła stan pandemii. Nowo zidentyfikowanego, wysoce zakaźnego wirusa nazwano SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2), a wywoływaną przez niego chorobę COVID-19 (Coronavirus disease 2019).

Obecnie zahamowanie szerzenia się zakażeń SARS-CoV-2 to cel numer 1 wszystkich krajów zmagających się z epidemią. Cel ten można osiągnąć przede wszystkim poprzez szybką i skuteczną diagnostykę osób potencjalnie zakażonych.

Jak wykryć SARS-CoV-2?

Zgodnie z wytycznymi WHO rozpoznanie infekcji SARS-CoV-2 wymaga potwierdzenia obecności materiału genetycznego wirusa w materiale pobranym od pacjenta. Zatem jedynie testy genetyczne umożliwiają ostateczne potwierdzenie bądź wykluczenie występowania ostrej infekcji SARS-CoV-2. Badania serologiczne wykrywające specyficzne przeciwciała anty-SARS-CoV-2 są alternatywą stosowaną pomocniczo w określonych sytuacjach.

Wykrywanie materiału genetycznego wirusa jest możliwe tylko w aktywnej fazie choroby, kiedy w komórkach, które pobrano do badania, zachodzi replikacja. Tym samym testy genetyczne mają najwyższą czułość między 7. a 14. dniem od kontaktu z SARS-CoV-2 (tj. przy pierwszych objawach zakażenia). Po upływie około tygodnia od pojawienia się pierwszych symptomów infekcji czułość diagnostyki molekularnej w zakażeniach SARS-CoV-2 stopniowo maleje. Wynika to ze spadku liczby cząstek wirusa obecnych w nabłonku dróg oddechowych. Jeśli test genetyczny zostanie wykonany zbyt późno, może dać wynik ujemny, pomimo toczącej się jeszcze infekcji.

Dopełnieniem testów genetycznych w późnej fazie infekcji mogą być testy serologiczne wykrywające specyficzne przeciwciała anty-SARS-CoV-2. Specyficzne przeciwciała anty-SARS-CoV-2 zaczynają pojawiać się po ok. 10 dniach od wystąpienia pierwszych objawów zakażenia. Z tego powodu nie mogą służyć do diagnostyki wczesnej fazy choroby czy bezobjawowych nosicieli.

 Badanie genetyczne SARS-CoV-2

Podstawą rozpoznania zakażenia SARS-CoV-2 jest test RT-PCR zaliczany do technik amplifikacji kwasu nukleinowego (NAAT Nucleic Acid Amplification Testing), które posiadają oficjalną rekomendację WHO. Badanie RT-PCR potwierdza obecność materiału genetycznego wirusa w próbce pobranej od pacjenta.

Co jest próbką do badania?

Materiałem zalecanym do badań genetycznych w kierunku zakażeń SARS-CoV-2 są wymazy z nosogardzieli, wymazy z gardła i błon śluzowych nosa pobierane równocześnie, a z dolnych dróg oddechowych: plwocina (u chorych z kaszlem i spontanicznym wykrztuszaniem, czyli gdy pacjent odksztusza ją w sposób nieindukowany), aspiraty tchawicze lub popłuczyny oskrzelikowo-pęcherzykowe.

Na czym polega badanie?

Poniższy opis przybliża zasadę działania testu do detekcji materiału genetycznego nowego koronawirusa na przykładzie testu EUROReal-Time SARS-CoV-2 firmy EUROIMMUN (certyfikowany test wpisany na listę WHO: https://www.finddx.org/covid-19/pipeline/).

Procedura badania jest wieloetapowa i dość pracochłonna. W pierwszym etapie z badanych próbek izoluje się RNA, które stanowi materiał wyjściowy do reakcji odwrotnej transkrypcji. Reakcja odwrotnej transkrypcji polega na przepisaniu RNA wirusa na komplementarne DNA (cDNA), które następnie powielane jest w reakcji PCR i wykrywane w czasie rzeczywistym przy użyciu fluorescencyjnych znaczników dla dwóch zdefiniowanych regionów genu ORF1ab oraz genu N wirusa SARS-CoV-2. Odwrotna transkrypcja, amplifikacja i detekcja SARS-CoV-2 cDNA są przeprowadzane w 1 reakcji. Test zawiera kontrolę wewnętrzną weryfikującą prawidłowość przeprowadzonej izolacji RNA, odwrotnej transkrypcji i samej amplifikacji. Ponadto dla każdej serii badań stosowana jest kontrola dodatnia SARS-CoV-2, która stanowi zewnętrzną kontrolę jakości badania.

Jak interpretować wynik?

Warunkiem potwierdzenia zakażenia SARS-CoV-2 jest wykrycie materiału genetycznego wirusa w badanej próbce.

  • Wynik dodatni świadczy o infekcji SARS-CoV-2.
  • Wynik wątpliwy, nierozstrzygający nie wyklucza ani nie potwierdza zakażenia. Wymaga badania kolejnej próbki pobranej od pacjenta po upływie 24–48 godzin.
  • Pojedynczy wynik ujemny nie wyklucza zakażenia i nie powinien być traktowany jako jedyne kryterium diagnostyczne. Szczególnie w przypadkach, gdy obraz kliniczny sugeruje zakażenie SARS-CoV-2 lub pacjent miał bliski kontakt z potwierdzonym przypadkiem COVID-19.

W zakresie monitorowania wirusologicznego osób z potwierdzonym zakażeniem SARS-CoV-2 konieczne jest badanie kontrolne po minimum 14 dniach od pierwszego dodatniego wyniku. Jeśli uzyskano ujemny wynik, badanie należy powtórzyć po ≥ 24 godzinach.

Dwa kolejne wyniki ujemne z dużym prawdopodobieństwem świadczą o eliminacji wirusa z dróg oddechowych. W przypadku, gdy którykolwiek wynik jest dodatni, badania należy powtarzać w odstępach 7-dniowych, do uzyskania 2 kolejnych wyników ujemnych w odstępach 24-godzinnych.

Skąd się biorą wyniki wątpliwe?

Wynik badania genetycznego zależy od:

  • fazy zakażenia SARS-CoV-2 – najwyższy ładunek wirusa w drogach oddechowych obserwuje się między 7. a 14. dniem od kontaktu z wirusem,
  • rodzaju pobranego materiału i wykrywalność jest wyższa w przypadku próbek pobranych z dolnych dróg oddechowych,
  • sposobu pobrania i transportu materiału.

Gdzie zrobić badanie?

Badania genetyczne na wysoce zakaźnym materiale, jakim jest SARS-CoV-2, mogą być prowadzone jedynie w specjalistycznych laboratoriach genetycznych, spełniających rygorystyczne wymogi bezpieczeństwa, wyposażonych w nowoczesne aparaty do badań molekularnych oraz zatrudniających wykwalifikowany personel. Z tego powodu testy RT-PCR są realizowane jedynie w laboratoriach wpisanych do wykazu COVID-19 Ministerstwa Zdrowia.

Wyszukiwarkę laboratoriów wykonujących badania w kierunku COVID-19 znajdziesz tu.

Więcej o SARS-CoV-2 na: https://cov-2.pl/

Literatura:

  1. Zalecenia w COVID-19. Polskie zalecenia diagnostyczno-terapeutyczne oraz organizacyjne w zakresie opieki nad osobami zakażonymi lub narażonymi na zakażenie SARS-CoV-2, Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji, wersja 1.0, 23.04.2020.
  2. Laboratory testing for coronavirus disease (COVID-19) in suspected human cases. Interim guidance, WHO, 19 March 2020.
  3. Zalecenia postępowania w zakażeniach SARS-CoV-2 Polskiego Towarzystwa Epidemiologów i Lekarzy Chorób Zakaźnych, wersja 31.03.2020, http://www.pteilchz.org.pl/.
  4. Instrukcja wykonania testu EUROReal-Time SARS-CoV-2, EUROIMMUN, wersja MP_2606_A_PL_C02.
  5. https://euroimmun.pl/blog/test-euroimmun-eurorealtime-sars-cov-2/.
  6. https://euroimmun.pl/blog/test-euroimmun-anty-sars-cov-2-elisa-iga-igg-informacje-podstawowe/.
0 thoughts

Zaczekaj jeszcze chwilęx

Oto 3 artykuły, które również mogą Cię zainteresować

Diagnostyka HPV jeszcze nigdy nie była tak prosta

Przeczytaj

Wywiad wideo z ekspertem w zakresie prewencji raka szyjki macicy

Cytologia czy badanie genetyczne HPV?

Przeczytaj